Скорее всего, просто люди договорились с водителем и все. 

Бывают и стоячие места в автобусах. Да дешевле, да знают конечно что стоять всю дорогу. Нужно на кассе спрашивать делают ли они так по вашему маршруту. Ну или как сказали выше договорились с водителем

А они прямо всю дорогу ехали? на маршруте Коломна-Москва та же система, сидячие места продают в кассе, но есть стоячие пассажиры, которые сходят где-то сразу после выезда из города или где-то на трети пути. Опять же на этих остановках и новых пассажиров подсаживают, и они платят водителю налом или через терминал "Стрелки". И стоят, да, если мест нет.

А они прямо всю дорогу ехали?
Ага, я тоже ждала, что они на следующей сойдут, потому и не брали себе сидячие; но они вместе со мной доехали до конечной.

Скорее всего, просто люди договорились с водителем и все.
Когда я пошла спрашивать у водителя, можно ли ему наликом заплатить и не стоять в кассу, меня послали (:

podbelochka, еще вариант, что когда в кассе кончаются все сидячие места, начинают продавать без мест, как раз стоячие. Но вообще стоять в междугородних автобусах бывает даже прямо запрещено, просят сесть.

Я как-то на междугороднем автобусе ехала, там стоячие ехали, на разных постах типа ДПС водитель их просил *присесть* на корточки. Ну чтоб не видно было, что они стоя едут. Водители зарабатывают как могут.
В другом автобусе ехали стоя несколько человек, потом сели на места тех, кто вышел по дороге. На обратном пути из деревни мы так же ехали, стоя. Потом сели на освободившиеся места.

Водители зарабатывают как могут.

Не водители, а их начальство, по-крайней мере в случае нашего города. На междугородних рейсах запрещены стоячие места, поэтому с конечной выезжает автобус, где все сидят с билетами,а с первой же остановки билеты продает водитель, которые ему выдало начальство, их проверяет контролер на линии, чтобы водители на этом не зарабатывали. Контролю все равно на стоящие места, а вот если автобус мимо проедет, то жители деревни будут жаловаться, так как им надо уехать как-то, и все равно, что от первой остановки до конечного пункта 2 часа стоя. Дешевле компании заплатить штраф (и такое бывает очень редко, ДПС не особо обращает внимание на автобусы), чем отказываться от пассажиров, которые каждый день ездят из деревень на работу/учебу в город. Я там работала в бухгалтерии, а папа начальником автоколонны.

цена всегда такая же была как за обычный билет.
В нашем случае билеты из Вологды были раскуплены все, мы-то ехали сидя, а народ водитель набрал чуть дальше автовокзала. Там уже очередь стояла. Водитель брал немного меньше, чем в кассах, ну типа стоя же...
А обратно мы ехали не с конечной, автобус едет с другой деревни. Многие ехали до ближайшего города, ну в поликлинику например, к врачу или анализы сдать. Одной бабе насовали кучу баночек с анализами Вот они вышли, а мы уже на их местах сидя ехали...