Всё
Была в Токио, Киото, Наре, Осаке, Кавагутико (чумовой вид на Фудзи, если угадать с погодой, обязательно воспользоваться экскурсионным старинным поездом), Камакура (очень атмосферное место, только там почувствовала, что да, я в Японии).
В первый раз в Токио зависла в Национальном музее развития и инноваций.
В Наре круто погулять по парку с оленями.
В Осаке - замок.
В Киото храмы на любой вкус, парки.
Останавливалась в капсульных хостелах, в хостелах, оформленных в традиционном стиле.
Могу поискать название места, где очень вкусные и доступные суши в Токио (не совсем для туристов, потому что в туристических местах ценник высокий и вкус не очень), еще лапшичную знаю, но лучше знать хотя бы цифры на японском, чтобы цены понимать и какие-нибудь названия, потому что место для японцев с соотвтетсвующим приятным ценником). В районе статуи с Хатико суши (а, да, перекресток Сибуйя, который круто наблюдать или из Старбакса или из метро, обязателен к посещению). Еще у них прикольные магазины, где все было почти по 100 йен, типа нашего Фикс прайса.
Это если очень коротко сказать))

Да в общем-то все типичные туристические места для первой поездки отлично подойдут. Токио+Киото и Нара. 
Мне очень понравились маленькие города рядом с Токио: Камакура, Одавара, Никко, Хаконэ. Каждый прекрасен по-своему.
В Нагое, Осаке не была, но думаю, это примерно то же впечатление, что Иокогама, Токио, Сайтама - крупные современные деловые мегаполисы. 
Потрясающее впечатление оставляют рёканы (традиционные гостиницы). 

Плюс к посту выше
Очень рекомендую съездить в Йокогаму. Минут 30-40 от Токио на электричке. Выходите на станции Ямашита парк и вы на берегу Токийского залива. Потрясающий вид на берег (район Минато-мирай) с международного терминала (пирса) Осанбаши. Можно подняться на Лэндмарк тауер. 
В китайском квартале много разных вкусняшек и сувениров.  Еще в сад Сайкенен (или Саекен). Там Сакура, японские домики, пруд с карпами.

В Киото сама атмосфера волшебная. Классно просто гулять с узким улочкам с фотоаппаратом и заходить в маленькие традиционные кафешки. Некоторые всего на пять посадочных мест расчитаны. Обязательно к посещению Кинкакуджи (золотой павильон) но там толпа. Еще рекомендуют середренный павильон, но я там не была.
Район Гион с гейшами и майко. 
Если возмете гостиницу в Киото, то оттуда можно ездить и в другие места.
Из Киото до храма Фушими-инари (храм с арками) на электричке минут 10 от станции Киото, если правильно помню.
До Осаки пол часа на электричке и два часа на автобусе до Нагоя. Там замок, музеи Тойота и город симпатичный)

Понравилось вообще все. А из того что выше нет, наверное : Mori Building Digital Art Museum (часов на 10 залипнуть бы) и Monkey Park Iwatayama.

И мне все понравилось, Япония невероятная!
Из еще не названного могу посоветовать музей тимЛэб на Одайбе borderless.teamlab.art/
И завод виски Никка на Хоккайдо с бесплатной дегустацией

Жила в Японии 5 лет.
В Токио рекомендую Kiyosumi Gardens, очень красивое, атмосферное место. И сам район тоже симптичный, в нём сохранились здания поздней эпохи Щёва (1960-1980-ые), можно немножко перенестись назад во времени) Если нравится такая атмосфера, то тогда ещё можно съездить в небольшой город на окраине Токио Ōme.
В Осаке сходите на Tenjinbashisuji Shopping Street, это, кажется, самая длинная крытая торговая улица в Японии (3км примерно, если не ошибаюсь). Там много прикольных магазинчиков с одеждой, едой, чаем и всякой всячиной. Такие улицы популярны в Японии, так что это тру джэпениз икспириенс.
КАМАКУРА!!! Старая столица Японии, сполшные храмы и умиротворение. В Кита-Камкура в июне обильно цветут гортензии, туда ездят на них смотреть, это одно из самых популярных для этого мест. Природа там великолепная и тишинаааа, плюс всякие традиционные кафешки - квинтэссенция Японии.
Очень плюсую к китайскому кварталу в Йокохаме, но также рекомендую аналогичный квартал в Кобэ. Вообще рекомендую Кобэ, очень приятный город, на горе Рокко есть Herb Garden, очень приятное место. Ещё там есть кусок разрушенной набережной, который сохранили в память о землетрясении 1995 года.
Про Киото: лучше всего просто гулять по старым улочкам. Например, район Higashiyama (вдобавок к Гиону). Ещё можно съездить в район Arashiyama - там бамбуковая роща (как они шелестят!! сарасара - японцы так этот звук описывают) и опять-таки старые улочки.
Ну и озеро Кавагучи уже упоминали, там тоже очень красиво. Особенно рекомендую музей кимоно (Itchiku Kubota Art Museum) - я от него была просто в восторге! Если я не ошибаюсь, то его кимоно только там и выставляются сейчас, больше их нигде не увидеть.

Мне понравилось все кроме погоды, я попала в самую жару, мне ее тяжеловато пережить.
Киото, храм Инари и Нара (это все рядом) мне понравились больше Токио. А еще на синкансене кататься, я оформляла Jr pass так что вышло не так дорого. А еще в него включен Sunrise Seto, это ночной поезд с лежачими местами и большими окнами у каждого лежака, так что ты можешь лежать и смотреть в окно (собственно на рассвет))

Fioletovaya, если у вас будет время, от рекомендаций едален точно не откажусь! Планирую поездку сильно заранее, поэтому и цифры подучу тоже  
[L]aisu kouhi[/L], я скорее всего поеду с человеком, который уже там был, так что интересуют и что-то небанальное тоже. Спасибо!
[L]Reri Nola[/L], Amadeya, айдл, Tish Evans, драма лама, спасибо большое за рекомендации!