А что у вас за специальность, какой именно МЛ? Я с этим работаю, но в основном с текстами, если хотите, могу написать в личку. Подозреваю, что нужно выбрать тему из курса, собрать интересные данные, чтобы это был не титаник-датасет, и что-то посчитать. Если хотите, напишите, постараюсь подсказать.

Автоэнкодерами можно шумы в изображениях поубирать, например. Вообще, я бы отталкивалась с темой от доступных данных + чтобы задача была уже более-менее решена.

В целом я в магистратуре делала много проектов разной сложности — SOTA от вас никто не потребует, нужно просто сделать осмысленную работу, желательно не на банальных данных.

Это чисто написать код с комментариями?
Аналитический отчет, возможно? Код, комментарии - графики с пояснениями, описательная статистика, EDA, если есть, что рассказать о данных, какие-то пояснения по выбору конкретных подходов к подготовке данных и, собственно, по итоговой модели. Во всяком случае, именно такие штуки мне пригодились позже на работе.
Я бы поняла это именно так, как написала 10v в первом комменте. Кстати, для поиска датасетов рекомендую Kaggle. Может и участие в соревновании зайдет как проект?

очень хотела бы в автоэнкодеры уйти. но не уверена, не утопит ли это меня.
от чего же утопит?) если сделать, скажем, сравнительное исследование вариационных автоэнкодеров и GAN'ов в задаче генерации изображений - может наоборот все будут пищать от восторга. Во всяком случае, когда я учила (2 года назад) у нас все хлопали в ладоши, когда кто-то упоминал GAN'ы (и, возвращаясь мысли выше - Kaggle, нас очень поощряли там участвовать).
Конкретно по сравненю VAE и GAN'ов я глубоко не копала, поэтому пределы их возможностей не знаю, но это может быть интересно, а может быть там уже все исследовано вдоль и поперек и все дрочат на GANы.

У вас к чему больше душа лежит? Изображения? Речь? Перенос стилей и прочая экзотика?